Vers 940, le fils d’Aimard, Aimon, semble avoir intégré l’antique castrum borbonensis à son domaine. Aimon délaisse Deneuvre pour Bourbon et en fait le siège de son pouvoir. Le nouveau château est stratégiquement et militairement plus intéressant que Deneuvre et se situe au carrefour de voies antiques importantes. Malgré des tensions initiales avec les moines de Souvigny, il confirme par des actes signés au château de Bourbon en 952 et 954, la donation qu’avait faite son père de son domaine de Souvigny à des moines de Cluny.
Profitant de l’effacement progressif du pouvoir central carolingien à partir de la fin du IXe siècle, les seigneurs de Bourbon vont étendre leurs possessions en direction de l’Auvergne et du Berry (ils seront cependant vite stoppés vers le Nord, le Berry étant intégré au Domaine Royal au XIIe siècle), confondant rapidement les fiefs dont ils ont la charge avec leurs alleux, à l’instar de la plupart des seigneurs du Xe siècle.
Fort opportunément pour la famille de Bourbon et pour le Bourbonnais, deux des plus illustres abbés de Cluny, Mayeul et Odilon de Mercœur, 4ème et 5ème abbés, viennent s’éteindre à Souvigny pour l’un, se faire ensevelir pour l’autre, respectivement en 994 et 1049. Vénérés comme des saints de leur vivant (Odilon fut l’un des artisans de la Paix de Dieu), leurs reliques et leur sépulture attirent les foules et l’afflux de pèlerins venus se recueillir sur leurs tombes des quatre coins du royaume crée un dynamisme dont les seigneurs de Bourbon tireront grand profit, tant dans le siècle que pour le salut de leur âme. Les destins de Bourbon et de Souvigny seront dès lors intimement et définitivement liés.
Le premier rapprochement avec le Capétien s’opère en 1108 lorsque Aimon II, dit « Vaire Vache », retranché en son château de Germigny (aujourd’hui Germigny-l’Exempt dans le Cher) se soumet au roi Louis VI, venu le châtier d’avoir voulu exercer seul les pouvoirs de ban sur la seigneurie au détriment de son neveu Archambault VI (†1097). Quand l’Aquitaine sera Plantagenêt, le Capétien saura apprécier l’appui stratégique que représente désormais un Bourbonnais devenu pays de frontière, une marche. Pour l’heure, c’est le Limousin qui inquiète le Capétien. Bourbon saura quant à lui tirer profit d’une alliance avec le roi des Francs (il ne sera de France que sous Philippe-Auguste), dont la légitimité royale confère et garantit la sienne. L’entente entre les Capétiens et les Bourbons est devenue évidente, sinon nécessaire.
Le roman courtois Flamenca, rédigé en Occitan du Rouergue après 1287, selon les chercheurs, met en scène un seigneur Archambaud (peut-être Archambaud VII, fils d’Aimon « Vaire Vache »), épris d’une belle et farouche princesse, Flamenca, fille de Gui de Nevers. L’auteur anonyme décrit un seigneur déjà puissant et une cour fastueuse à Bourbon., que l’on commence d’appeler « l’Archambaud ».
En 1276, les Bourbons entrent dans la famille royale par le mariage du sixième fils de Louis IX (Saint Louis) Robert de France, comte de Clermont en Beauvaisis, avec Béatrice de Bourgogne, héritière de la seigneurie et dame de Bourbon. Le roi de France Charles IV le Bel érige le Bourbonnais en duché en 1327 et l’année suivante, Philippe VI de Valois en fait une pairie[5] au bénéfice de Louis, le fils de Béatrice et Robert, qui devient donc le premier duc de Bourbon et pair de France, après avoir succédé à sa mère en tant que sire de Bourbon en 1310. C’est ce dernier qui fonde une première chapelle palatine dans le style français (pour remplacer une chapelle romane) placée sous le vocable de Notre Dame, afin d’abriter des fragments des reliques de la Passion que son grand-père le roi Louis IX avait achetée en 1238 à Baudouin II de Courtenay, le dernier empereur latin de Constantinople pour la somme astronomique de 125 000 livres tournois[6]. Une Epine et des fragments de la Vraie Croix reviendront à Robert de France en cadeau et arriveront à Bourbon en 1287.
Jean II, sixième duc de Bourbon, fondera une seconde chapelle castrale placée sous le vocable de la Sainte Croix en 1483, plus grande, plus belle, plus ostentatoirement fastueuse, édifiée sur le plan de la Sainte Chapelle de l’Île de la Cité, à Paris. Elle aura pour vocation à rappeler au peuple comme aux grands du royaume (ainsi qu’au roi de France lui-même) que les Bourbons ont du sang capétien dans les veines et qu’eux aussi descendent de Saint Louis. Princes du sang, ils sont donc, dans la conception du temps, dépositaires d’une délégation du pouvoir royal et légitimes dans l’exercice de leur pouvoir ducal. Ils estiment aussi avoir une place de droit dans le conseil royal et se savent enfin potentiellement un jour héritiers présomptifs du trône.
Le deuxième duc de Bourbon, Pierre Ier, meurt à la bataille de Poitiers en 1356. Son fils Louis lui succède à cette date mais ne prend le gouvernement de son duché qu’en 1366, de retour de son otagie londonienne (il était avec d’autres barons garant de la rançon due à l’Anglais pour la libération du roi Jean II le Bon, fait prisonnier à Poitiers). De nouveau dans ses domaines, il chasse les compagnies de routiers qui dévastaient le pays. Louis II et ses successeurs (Jean Ier, Charles Ier puis Jean II) sont très impliqués dans la guerre de Cent Ans aux côtés des rois de France, notamment Charles V et Charles VI. Charles V était par ailleurs beau-frère de Louis II de Bourbon ; il avait épousé la sœur de Louis II, Jeanne de Bourbon en 1350. Louis II participe au Conseil de régence pendant la minorité de Charles VI, et au Gouvernement des Oncles (principalement les frères de Charles V), qui assure le gouvernement du royaume pendant les crises de folie de Charles VI, à partir de 1392.
Même si les opérations militaires de la Guerre de Cent Ans n’ont eu qu’un caractère secondaire en Bourbonnais, les mercenaires anglais et bourguignons ont tout de même causé suffisamment de destructions, pillages et exactions diverses pour que leur souvenir ait du mal à s’effacer de la mémoire collective. On constate au demeurant un accroissement de la puissance ducale pendant cette période, un renforcement administratif et fiscal qui accompagne la constitution autour du duché de Bourbon d’un véritable État princier. Louis II meurt en 1410. Il est inhumé dans la Chapelle Neuve de la prieurale de Souvigny.
C’est sous le principat de Louis II que seront réalisés dans les années 1380-90 de gigantesques travaux de fortification et d’amélioration de nombreuses forteresses ducales, dont le château de Bourbon qui, une fois encore, est grandement remanié. La Chapelle Neuve de l’église de Souvigny date également du principat de Louis II et témoigne d’un déplacement du culte des reliques vers le culte de la personnalité que vise le couple princier. La multiplication des chiffres et des symboles héraldiques, des sculptures monumentales aussi, qui ornent les chapelles, participent du même effort tourné vers une une célébration de la dynastie.
Le château de Bourbon fut délaissé pour le nouveau château de Moulins à partir de la fin du XIVe siècle par les ducs de Bourbon, même si c’est dans le château des origines, la maison de famille, que l’on y édifie la seconde chapelle dont il a été question. Le château devient la demeure presque exclusive d’un Capitaine Châtelain et des desservants de la Sainte Chapelle. Le capitaine représente les ducs et exerce le pouvoir de ban à leur place pendant leur absence.
En janvier 1532, suite à l’épisode de la « trahison » du connétable Charles III, 9ème et dernier duc de Bourbon, le Bourbonnais est définitivement rattaché au domaine royal par François 1er, et devient une généralité[7] dont le siège est Moulins.